在现实中混改制的企业中，弊端很多，主要体现以下几个方面： 1，组织架构不明确，既不能像国有企业那样健全，同时还要满足原来私人老板的利益所求，有很多部门设置了起不到相关作用，既不能起到相应的作用，同时又增加了公司的编制，增加了公司的负担。 2，磨合时间较长，发展目标不明确。混改制企业，尤其是国家企业控股原来的民营企业，董事长虽然是国有企业派出，但是真正的总经理会操控很多事情，很多发展理念发生冲突， 民营老板会认为利用国有资本的优势快速扩张，而国有企业对资产负债率，营业利润有要求，有些民营企业老板想快速扩张后撤离股份，迅速变现，留一堆问题让国有混改业余擦屁股。 3，里应外合，套取国有企业利益。民营企业老板的某个企业被并购后，成为混改制国有控股企业，响应了国家号召，满足了企业的混改要求，但是民营老板被兼并后会成立新的企业。新成立的公司以承接混合所有制企业工程，作为一个居间方把混合痔所有企业的利益赚走，民营企业老板会充分利用手中权力，同时利用自己特殊的身份在输送利益的同时博取了更大的利益，利用了所有的手段满足自己最大利益的同时，损害了国有企业，造成国有资产的流失，同时将原本国有企业的优秀干部拉下马。 4，企业矛盾增加，混改前企业的主要矛盾是如何发展，混改后的矛盾首先是如何发展，更大的矛盾是利益分配。企业混改后，对于企业分红以及利润的留存等问题也成为了企业发展巨大的问题。民营企业老板被收购后，希望每年得到客观的收益，而企业的发展必须留存足够的发展基金，同时对于扩张过快的混改制企业，民营老板无法提供对等的资金，通过股权质押来换取国有资本，但在质押股权的时候往往会将股权价值增大，损害企业利益。同时在组织用人上也增加了矛盾，由于各方利益，都会增加各自方面的人员，以便自己的利益，完全不会是谁控股谁经营。国有企业控股的混改制所有制企业如果连人事权都不能把控，如何在重大事件上维护国有的利益。民营老板会利用自己的资金优势充分的输送个人利益，来获取更大的利益，就会从而找更大的领导作为保护伞。
