组织架构不明确，既不能像国有企业那样的健全，同时还要满足原来私人老板的利益诉求，有很多部门设置了起不到相关作用，既不能起到相应的作用，同时又增加了公司的编制，增加了公司的负担，磨合时间较长，发展目标不明确，混改制企业，尤其是国有企业控股原来的民营企业，董事长虽然是国有企业派出，但是真正的总经理会操控很多事情，很多发展理念发生冲突，民营老板会认为利用国有资本的优势快速扩张，而国有企业对资产负债率，营业利润有要求，有些民营企业老板想快速扩张后撤离股份，迅速变现，留一堆问题让国有混改企业擦屁股。 里应外合，套取国有企业利益，民营企业老板的某个企业并购后，成为混改制国有控股企业，响应了国家号召，满足了企业的混改要求，但是民营老板被兼并后会成立新的企业，新成立的公司已承接混合所有制企业工程，作为一个居间方，把混合所有企业的利益转走，民营企业老板会充分利用手中权力，同时利用自己特殊的身份在输送利益的同时博取了更大的利益，利用了所有的手段满足自己最大利益的同时，损害了国有企业，造成国有资产的流失，同时将原本国有企业的优秀干部拉下马。
